Estamos na época Edo e dois clãs de ninjas, os Hiruko que estão condenados a viver na escuridão e os Kimon que lutam só para alimentar a sua sede de poder e a sua ganância, lutam pela posse da lendária "Pedra do Dragão" e pela "Senhora da Luz", a única capaz de invocar os poderes da "Pedra do Dragão" e de revelar o grande tesouro há muito perdido. Os Hiruko procuram a salvação do seu clã e a continuação da sua dinastia há muito remetida para as trevas. Apanhado no meio desta disputa está Jubei Kibagami, um ninja mercenário sempre pronto a vender os seus serviços em troca de uns trocos ou mesmo por nada. Para um ninja mercenário, por vezes até é um gajo com muita consciência e alguns valores morais.
