A.C. 2039, Tóquio. A Comissão de Segurança da Rede Informática Internacional encarregou o Agente Mikogami Kaoru de uma nova missão: assassinar o hacker Massy Spector. O seu crime: roubo de informação ultra-secreta do banco de dados da CIA. Com a ajuda da sua nova parceira Alice, uma ciborgue ultra-letal, ele é capaz de ter sucesso, mas agora a memória e personalidade imortais de Massy invadiram a rede mundial e controlam as mentes dos consumidores de uma ciberdroga conhecida por Nine Heavens. Para piorar a situação ele está prestes a activar novamente o fenómeno XINN, um vírus informático, que uma vez avariou a Rede Internacional. Isto é a tecnologia que ele roubou da CIA.
