Seguindo os acontecimentos do primeiro filme, a Major Motoko Kusanagi há muito que deixou o seu corpo físico e é agora um espírito vagueando pela rede. Isto deixa Batou como o oficial de topo na Secção 9, uma equipa de operações especiais. A última missão de Batou é investigar os recentes homicídios cometidos por gynoids, andróides com aparência feminina. Em parceria com Togusa, uma das últimas pessoas que não têm o seu corpo modificado com partes mecânicas, Batou procura uma explicação enquanto pondera sobre a ténue fronteira que aproxima e separa os humanos dos organismos cibernéticos.
